Aunque para particulares pueden existir muchas cuentas sin comisiones, para empresas (autónomos, pymes y grandes empresas) es más difícil encontrarlas, porque se supone que tienen más recursos. Aun así es posible encontrar algunas cuentas sin comisiones para empresas, autónomos y profesionales en las que normalmente solo es necesario domiciliar las cotizaciones sociales (recibo de autónomos o Seguridad Social de los empleados).
Las cuentas empresa han de prestar los mismos servicios que para particulares y alguno más. Como cuentas corrientes operativas deben permitir el ingreso y retirada de efectivo, la domiciliación de recibos, emisión de transferencias, disponer de tarjetas de débito y crédito asociadas, etc. Pero como cuentas empresa también han de proporcionar servicios específicos para negocios, como emisión de transferencias tipo nómina para pagar el salario de los empleados, emisión de remesas de recibos con normas como la Q19 para cobrar a los clientes, disponer de TPV físico y virtual para el cobro en comercios o páginas web con tarjeta, etc.
Las cuentas empresa tradicionales suelen ser para autómonos y empresas como tal (S.A., S.L., etc.), pero hay algunas que permiten que el titular sea por ejemplo una comunidad de bienes (C.B.). También hay otras que permiten crear perfiles de usuarios para acceder a ellas con diferentes roles y permisos desde los departamentos de la empresa (facturación, contabilidad, ventas, personal, etc.) para que cada uno acceda exactamente a lo que le corresponda. Las cuentas empresa también suelen ofrecer líneas de crédito, préstamos y pólizas de crédito con un dinero disponible para cuando sea necesario.
Para los profesionales y empresas con empleados que viajen, hay algunas tarjetas de negocios que ofrecen descuentos al repostar con ellas en estaciones de servicio, restaurantes, hoteles, billetes de tren y avión, comercios, etc.
Cada vez más entidades ofrecen cuentas para empresas y autónomos sin comisiones y con todos los servicios, como la Cuenta Negocios de ING Direct, la Cuenta 1|2|3 Pymes del Banco Santander, la Cuenta Negocios db de Deutsche Bank, las Cuentas Expansión Negocios y Empresas del Banco Sabadell o la Cuenta Profesional Bankinter.